El gobierno de las Provincias Unidas le debía dinero a Vernet. Para saldar su deuda le ofrecieron territorios y ser director de un nuevo asentamiento en las Malvinas en enero de 1828, incluyendo todos los recursos y lo eximió del pago de impuestos si una colonia podría establecerse en un plazo de tres años. El gobierno de Manuel Dorrego también le concedió la explotación de la Isla de los Estados en Tierra del Fuego. A su vez recibió los derechos de pesca a lo largo de la costa patagónica del Mar Argentino al sur del Río Negro hasta el cabo de Hornos y 30 años de exención de impuestos para el proyecto.

Vernet tomó 50 colonos con sus familias y gauchos, sumó al capitán británico Matthew Brisbane y se dirigió al archipiélago en el bergantín Betsy. El 10 de junio de 1829 se estableció oficialmente en la Isla Soledad y fue nombrado Primer Comandante Político Militar en las Islas Malvinas.​ Bajo el pabellón argentino, se comprometió a hacer cumplir la legislación nacional, cuidar sus costas y los reglamentos de pesca vigentes.

Construyó un fuerte y se proveyó de algunos cañones para defensa del lugar. El anuncio siguió a su petición al Gobierno de Buenos Aires para proporcionar un buque de guerra para vigilar el acuerdo. Esa solicitud fue rechazada y en su lugar se le dio Vernet la autoridad para actuar por sus propios medios. Antes del nombramiento, Vernet en algunas ocasiones había ido a defender sus privilegios ante varias naves extranjeras que pescaban en su zona y se encontró que carecía de facultades al respecto. Esto llevó a que solicitase el cargo de comandante. Los terrenos, concedidos por un decreto, estaba en su mayoría de la isla Soledad.

La designación de Vernet la realizó el entonces gobernador de Buenos Aires, Martín Rodríguez, con el asesoramiento del jurista Salvador María del Carril. Rodríguez designó a Vernet, no solo comandante de las Malvinas, sino también de las islas adyacentes al Cabo de Hornos en el océano Atlántico, incluyendo la isla Grande de Tierra del Fuego. Esto asentó el mayor antecedente legal en relación con los reclamos argentinos sobre las islas.

​ El decreto fue publicado en varios medios de prensa del extranjero, entre ellos Reino Unido y Estados Unidos. Al año siguiente Vernet hizo circular entre los barcos pesqueros ocupados en la Patagonia, una notificación en inglés y español con copia del referido decreto. El gobierno de Rodríguez se convirtió en el primer gobierno en nombrar una autoridad para las Malvinas desde la Independencia de Argentina.​ Cabe destacar que la Comandancia de las Malvinas no era una entidad diferente, sino una parte de la provincia de Buenos Aires.​

Invasión británica

El 2 de enero de 1833, después del prólogo del incidente de Lexington, cuando era ya gobernador interino el capitán José María Pinedo, las naves de la corona británica invadieron el territorio argentino. La invasión inglesa quedó a cargo del capitán militar John James Onslow, quien al mando de la fragata HMS Clío, se lanzó al ataque de Puerto Soledad (también conocido como Puerto Luis y antes de 1829 Puerto San Carlos).

Vernet nunca fue repuesto en su cargo ni volvió a las islas, a pesar de varias peticiones a las autoridades británicas reclamando el derecho de volver y la recuperación de las tierras que le habían pertenecido. Matthew Brisbane intentó resucitar el acuerdo y reformar las operaciones dos meses después de la ocupación británica, pero fue asesinado por gauchos comandados por Antonio Rivero.

El asentamiento de Puerto Soledad fue dejado en un estado en ruinas después de los asesinatos. En defensa de su concesión, Vernet hizo trámites y hasta ofreció que un hijo suyo fuera a las islas. Pero los británicos se opusieron a todas estas ofertas y se quedaron con sus bienes, además de los corrales hechas por los gauchos en el interior de la isla. El teniente Henry Smith, el primer mandatario británico, se puso a refaccionar los edificios habitables. Como un asentamiento naval, la propiedad de Vernet se convirtió en un propiedad del ministerio de marina británico y en un principio el teniente Smith se encargó de cuidar la propiedad y dar cuentas a Vernet. Los bienes de la propiedad también quedaron en manos británicas.